[18p-P5-1~22] 12.6 ナノバイオテクノロジー

[18p-P5-8] フラグメント分子軌道法(FMO法)による一本鎖DNAと結合タンパク質の相互作用解析

古明地 勇人¹、沖山 佳生²、〇望月 祐志^3,4、福澤 薫^4,5 (1.産総研バイオメディカル、2.国立医薬品食品衛生研、3.立教大理、4.東大生研、5.星薬科大)

キーワード：フラグメント分子軌道法、一本鎖DNA、DNA-タンパク質複合体

フラグメント分子軌道（FMO）法は、巨大分子系の電子状態計算法で、定量的で詳細な相互作用解析を大きな強みを持つ。核酸関係ではこれまで、二本鎖DNAやそのタンパク質複合体のFMO計算が行われてきたが、今回、一本鎖DNA（single-stranded DNA, ssDNA）とタンパク質の複合体を扱った。この結果、二本鎖の場合とは明確異なる相互作用の様態が見出された。特に、塩基部位のスタッキング相互作用は強い傾向が見られた。