遺伝・育種

[III-19-08] 黒毛和種における未使用SNPアレイデータの活用

*佐々木 慎二¹、村木 英二²、井上 喜信⁴、末澤 遼平³、荷川取 秀樹³、吉田 裕一⁵、成相 翔太⁶、秀島 遼哉⁶、森脇 俊輔⁶、中島 亮太朗⁷、内山 勝雄⁸、吉成 加奈子⁸、竹田 将悠規⁸、小島 孝敏⁸ (1. 琉球大農、2. 岐阜畜研、3. 沖縄畜技セ、4. 鳥取畜試、5. 兵庫農技総セ、6. 島根畜技セ、7. 鹿児島肉改研、8. 家畜改良セ)

【目的】 ウシのSNPアレイデータは，ゲノム育種価の算出に活用されるなど，大規模に収集されつつある．市販のSNPアレイにはゲノムの位置が不明なSNPが多数搭載されており，「未使用SNPアレイデータ」として，その後の解析には使用されていない．そこで，本研究では未使用SNPの周辺配列を基にBLASTを使って，ゲノムの位置を特定し，この位置情報を使用しOMIA（遺伝性疾患データベース）でSNPの特徴付けを行った後，頻度調査を行なった．【結果】　285個の未使用SNPの内，BLASTを使用し，276個のSNPのゲノム位置が特定された．この内110個はゲノムの位置情報を使用してOMIA IDと結びつけることができ，また42個はSNP名などから疾患との関連が示唆された．加えて，ゲノム位置が既知のSNPの内，58個はゲノム位置情報を使用してOMIA IDと結びつけることができ，14個はSNP名から疾患との関連が示唆された．合計で，ゲノム位置に冗長性のない98個のSNPを特定できた．これらのSNPについて，黒毛和種5955頭で遺伝子型，アレル頻度を集計した結果，11個のSNPはリスクアレル頻度0.00008396から0.46であることが分かった．【結語】 未使用SNPアレイデータをゲノムの位置情報を基に特徴付けることで，遺伝子疾患に関連するリスクアレルを迅速，簡便に特定できることが示された．