育種・遺伝2

[II-16-23] SNP情報を用いた熊本系褐毛和種の系統分類の試み

*Keiichi Inoue¹, Masayuki Takeda¹, Michio Yamamoto², Koji Saito³, Shinichi Fujihara¹, Tadashi Kawamura⁴ (1. National Livestock Breeding Center, 2. Akaushi Registry Association, 3. Kumamoto Prefectural Aguricultural Research Center, 4. National Livestock Breeding Center Tottori Station)

【目的】褐毛和種集団の遺伝的多様性確保に向けて集団構造を明らかにするため、SNP情報を用いた系統分類を試みた。【方法】熊本県内の農家、県畜産研究所および家畜改良センター熊本牧場で飼養されている褐毛和種繁殖雌牛からサンプリングし、332頭のSNP遺伝子型を特定した。これらのSNP情報を用いたストラクチャー解析から適当な分集団数を決定し、各個体を各分集団のゲノム構成割合が最大となる分集団に振り分けた。どの分集団のゲノム構成割合も30％に満たない個体は、未分類とした。また、主成分分析により分集団の特徴を分類した。【結果】ストラクチャー解析の結果、10の分集団に分類するのが適当であると思われ、一般農家と熊本牧場に特徴的な系統が分類された。また、熊本牧場では、遺伝的多様性に寄与すると考えられる、希少な雌牛系統も分類された。主成分分析の結果、熊本牧場繋養雌牛が、一般農家の雌牛と遺伝的に異なる特徴を持つことが明らかとなったが、一般農家の地域間および一般農家と県畜産研究所との違いは見られなかった。更に、ストラクチャー解析で分類された分集団を、主成分分析の結果に投影することで、一般農家および熊本牧場内での分集団間差が明確になった。しかしながら、今回の供試個体には、一般農家と比較して、熊本牧場で幅広い世代の個体が含まれていたことから、今後、一般農家から広くサンプルを確保して追加検討する予定である。