育種・遺伝Ⅱ

[VI-20-27] ゲノム情報に基づく熊本系褐毛和種の系統分類

*Keiichi Inoue¹, Masayuki Takeda², Kasumi Ichinoseki², Michio Yamamoto³, Kouji Saitou⁴, Daisuke Tsukaguchi⁵ (1. University of Miyazaki, 2. National Livestock Breeding Center, 3. Nihon Akaushi Registration Association, 4. Johoku Livestock Hygiene Service Center, 5. National Livestock Breeding Center Kumamoto Station)

【目的】褐毛和種集団の遺伝的多様性確保に向けて集団構造を明らかにするため、SNP情報を用いた系統分類を行った。【方法】熊本県内の農家、県畜産研究所および家畜改良センター熊本牧場の他、北海道と長崎県で飼養されている褐毛和種繁殖雌牛からサンプリングし、618頭のSNP遺伝子型を特定した。これらのSNP情報を用いたストラクチャー解析から適当な分集団数を決定し、各個体を各分集団のゲノム構成割合が最大となる分集団に振り分けた。どの分集団のゲノム構成割合も30％に満たない個体は、未分類とした。その後、主成分分析により分集団の特徴を分類した。また、血統情報から計算した近交係数を分集団間で比較した。【結果】ストラクチャー解析の結果、12の分集団に分類するのが適当であると思われ、一般農家と熊本牧場に特徴的な系統が分類された。分集団内の平均近交係数は、供用頭数の多い分集団で高い傾向にあった。主成分分析の結果、熊本牧場繋養雌牛が、一般農家の雌牛と遺伝的に異なる特徴を持つことが明らかとなったが、北海道と長崎県も含め、一般農家の地域間での違いは見られなかった。ストラクチャー解析で分類された分集団を、主成分分析の結果に投影したところ、熊本県が定める特定系統が特徴的な分布を示すことが明らかとなった。今後、熊本県外のサンプルを充実させて追加検討を行う予定である。