[W10-3/ODP-222] 環境モニタリングに向けた薬剤耐性遺伝子上流配列（ARG-UGS）解析法の開発
【背景】薬剤耐性（AMR）菌の拡散は，医療関連機関だけでなく，自覚症状のない健康な人（健常人）や環境にまで及んでいる．環境AMR菌の蔓延は，ヒトの健康リスクとなりうることから，AMR菌の環境モニタリングが必要である．我々の直近の研究では，基質特異性拡張型βラクタマーゼ遺伝子（bla CTX-M ）の上流側配列約0.5~2kbpを解析することで，その遺伝子構造の違いによってbla CTX-M を分類可能な上流配列（Upstream Genetic Structure; UGS）解析法を確立した．本手法を他の主要なAMR遺伝子（ARG）にも応用することで，環境モニタリングに適した手法となることが期待された．本研究では，UGS解析によって，他のARGもbla CTX-M と同様に分類可能かin silicoによって検討し，他のARGのUGS解析が可能なプロトコルを確立する．
【方法・結果】塩基配列データベースRefSeqから得たバクテリアプラスミド配列46385件をAMRFinderPlusによって解析した結果，764種56676件のARGが検出された．検出されたARGのうち，sulI（3464件），bla CTX-M （1970件），qnrS（717件），mcr-1.1（572件）の上流2kbpを遺伝子構造に依って分類すると，それぞれ354，357，75，89種類に分類可能だった．以上のことから，UGS解析によって，ARGの有無だけでなく，ARGの帰属（プラスミドや菌株）に関する情報をも同時に取得可能であることが示唆された．現在，UGS解析が可能なプロトコルを検討中である．
【方法・結果】塩基配列データベースRefSeqから得たバクテリアプラスミド配列46385件をAMRFinderPlusによって解析した結果，764種56676件のARGが検出された．検出されたARGのうち，sulI（3464件），bla CTX-M （1970件），qnrS（717件），mcr-1.1（572件）の上流2kbpを遺伝子構造に依って分類すると，それぞれ354，357，75，89種類に分類可能だった．以上のことから，UGS解析によって，ARGの有無だけでなく，ARGの帰属（プラスミドや菌株）に関する情報をも同時に取得可能であることが示唆された．現在，UGS解析が可能なプロトコルを検討中である．