[W5] Workshop 5
Selected from Oral Session 2: Genetics, taxonomy and Epidemiology

[W5-2/ODP-001] Global population analysis of Escherichia coli O103:H2 and comparison of complete genomes

Itsuki Taniguchi¹, Keiji Nakamura¹, Yasuhiro Gotoh¹, Kenichi Lee², Tadasuke Ooka³, Yoshitoshi Ogura⁴, Makoto Ohnishi², Sunao Iyoda², Tetsuya Hayashi¹ (¹Dept. Bact., Grad. Sch. Med. Sci., Kyushu Univ., ²Dept. Bact. I, NIID, ³Dept. Microbiol., Grad. Sch. Med. Dent. Sci., Kagoshima Univ., ⁴Div. Microbiol., Dept. Infect. Med., Kurume Univ. Sch. Med.)

腸管出血性大腸菌（EHEC）感染症は志賀毒素産生大腸菌株による感染症で，腹痛や水様性下痢，血便のほか，溶血性尿毒症症候群や脳症などの重症合併症を引き起こす．国内では，毎年3000事例が報告されており，その60％程度は血清型O157によるものである．EHECにはO157以外にも多様な血清型が存在し，2020年度の報告数ではO26，O103，O111の順となっている．本研究では，2007年から2018年に国内で分離されたEHEC O103:H2（O103，N = 103）を収集し，次世代シーケンサを用いてドラフトゲノムを取得した．当研究室で以前完全長配列を決定したO103株（12009株）を参照株として高精度系統解析を行った結果，O103には複数の亜系統が存在し，12009株はマイナーな亜系統に含まれていることが明らかとなった．さらに，公共データベースにて公開されている海外株を加えた大規模な系統解析を行い，この傾向が国内で特異的かどうかを解析したところ，国内分離株の系統解析結果と一致し，複数の亜系統からなる集団であることがわかった．そこで，比較的主要な2つの亜系統から国内分離株を1株ずつ選抜してナノポアロングリードシーケンスを行い，イルミナショートリードとのhybrid assemblyにより完全長配列を決定した．本演題では，高精度系統解析の結果とともに，当研究室で完全長配列を決定した3株と完全長配列が公開されている2株の詳細なゲノム構造比較の結果を報告する．
共同研究者:
森本洋，畠山敬，田中静佳，河合優子，北橋智子，青木順子，長岡宏美，古田敏彦，若林友騎，田辺純子，濱崎光宏，阿部有利，成松浩志（菌株を分与していただいた各地の地方衛生研究所）