[04生-ポ-01] 骨格筋由来miRNAの網羅的解析
Gene Expression Omnibus（GEO）からの再解析
【背景】Muscle-enriched miRNA（myomiRs）は、miR-1、miR-133a、 miR-133b、miR-206 などがよく知られている。しかしながら、網羅的解析を行った複数の研究によっては発現量に大きな違いがあり、また、これまで知られていなかったmiRNAの存在も明らかとなっている。さらに、miRNAは血中に放出されるため、骨格筋由来のmiRNAが多臓器に作用する可能性もある。
【目的】本研究は、アメリカ国立生物工学情報センター（NCBI）のGene Expression Omnibus（GEO）および文献から骨格筋由来のmiRNAの発現量を再解析することを目的とする。
【方法】GEOのwebサイトからmiRNAの網羅的シーケンスデータ4件（骨格筋2件、血液2件）を得た。シーケンスデータから各個人におけるmiRNA発現量を算出するために、extra-cellular RNA processing toolkit（exceRpt）ソフトウェアを用いてmiRNAのread per million（RPM）を計算した。運動前後におけるmiRNA発現量の比較は、edgeRソフトウェアを用いた。
【結果】安静時の骨格筋において、複数の研究で共通して発現がみられたmiRNAは、mir-1、miR-133a、miR-206、miR378aであった。安静時に骨格筋と血液の両方で発現がみられたmiRNAは、miR-22であった。運動前後において骨格筋と血液の両方で同様な発現変動がみられたmiRNAは、miR-146b（増加）、miR-15b（減少）、miR-16（減少）、miR-182（減少）であった。
【結語】本研究の結果を起点に、これまでターゲットとして注目されなかったmiRNAの新たな機能が明らかになることを期待する。
【目的】本研究は、アメリカ国立生物工学情報センター（NCBI）のGene Expression Omnibus（GEO）および文献から骨格筋由来のmiRNAの発現量を再解析することを目的とする。
【方法】GEOのwebサイトからmiRNAの網羅的シーケンスデータ4件（骨格筋2件、血液2件）を得た。シーケンスデータから各個人におけるmiRNA発現量を算出するために、extra-cellular RNA processing toolkit（exceRpt）ソフトウェアを用いてmiRNAのread per million（RPM）を計算した。運動前後におけるmiRNA発現量の比較は、edgeRソフトウェアを用いた。
【結果】安静時の骨格筋において、複数の研究で共通して発現がみられたmiRNAは、mir-1、miR-133a、miR-206、miR378aであった。安静時に骨格筋と血液の両方で発現がみられたmiRNAは、miR-22であった。運動前後において骨格筋と血液の両方で同様な発現変動がみられたmiRNAは、miR-146b（増加）、miR-15b（減少）、miR-16（減少）、miR-182（減少）であった。
【結語】本研究の結果を起点に、これまでターゲットとして注目されなかったmiRNAの新たな機能が明らかになることを期待する。