育種・遺伝1

[II-16-03] 黒毛和種の枝肉形質におけるSNPの効果を考慮したゲノミック評価法の推定精度

*西尾 元秀¹、井上 慶一²、広岡 博之³、井上 喜信⁴、竹田 将悠規²、岡村 俊宏¹、福澤 陽生¹、小川 伸一郎¹、小林 栄治¹、石井 和雄¹ (1. 農研機構畜産部門、2. 家畜改良セ、3. 京大院農、4. 鳥取畜試)

【目的】ゲノミック評価法はすべてのSNPの効果が等しいと仮定したGBLUP法が主流となっているが、近年SNPの効果の大きさを考慮したゲノミック評価法も多数提案されている。そこで本研究では、黒毛和種の枝肉形質においてSNPの効果の大きさを考慮できる５つのゲノミック評価法を実行し、それらの遺伝的能力評価精度を比較した。【方法】鳥取県畜産試験場および家畜改良センターで肥育された黒毛和種肥育牛1,908頭の枝肉格付け成績およびSNP情報を分析に供した。SNPの効果の大きさを考慮するゲノミック評価法として、ベイズ法、カーネル法、ブースティング法、畳み込みニューラルネットワーク法およびkinship-adjusted-multiple-loci（KAML）法を取り上げた。６反復の交差検証を実行し、遺伝的能力評価精度は表型値と予測値との相関係数から算出した。【結果】枝肉重量ではKAML法、BMSではブースティング法が最も精度が高かった。皮下脂肪厚、歩留まり基準値、バラの厚さおよびロース芯面積ではカーネル法が最も精度が高かった。畳み込みニューラルネットワーク法はすべての形質において最も精度が低かった。