育種・遺伝2

[II-16-31] NGSを用いた牛伝染性リンパ腫感受性・抵抗性遺伝子タイピング方法の確立

*朝治 桜子¹、奥平 裕子¹、桝屋 安里¹、岩内 陽子¹、葉畑 美和¹、法花津 匠¹、福島 香織¹、中島 文明¹、竹嶋 伸之輔²、細道 一善³、間 陽子⁴ (1. ジェノダイブファーマ、2. 十文字女子大 　人間生活学、3. 東薬大　生命科学、4. 東大院　農学生命科学)

【目的】牛伝染性リンパ腫ウイルス（BLV）は世界的に蔓延し、畜産界に大きな経済的損失をもたらしている。我々は間らの技術に基づき、BLV量に関連があるとされているBoLA-DRB3遺伝子のタイピング受託検査を実施している。しかし、Sanger法ではDRB3*0201のように欠失のあるアレルの場合、波形の解読が難しく、解析が困難であった。NGSでは１分子からのシーケンスが可能なため、iSeq 100(illumina)でのシーケンスランと解析フローの構築を行った。 【方法】Sanger法でタイピングを行ったアレル既知の4検体のゲノムDNAを用いた。従来法と同じプライマーでPCR増幅し、ライブラリー調整後iSeqにてシーケンスした。得られたfastqを既存のソフトウェアを用いて解析できるよう、フローの構築を行った。 【結果】従来法と同様にアレルタイピングができる解析フローを構築できた。NGSでデータを取得することで、Sanger法などの現行法におけるphase ambiguity問題が解消され、これまでに難解析となっていた欠失を持つアレルのタイピングも容易となった。さらに、稀に確認されるキメラ検体や新規アレルについてもそれぞれの配列が検出できることで、確実なデータの取得が可能となる。今後もタイピングを継続し、検査情報をもとにBLV清浄化を実施することで、農家の安定した畜産経営の一助となりたい。