The 142nd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan (Nagoya)

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(B) Pharmaceutical Physics

[26PO1-pm1] Physical Chemistry-1/Biophysics-1/Informatics, in silico chemistry (computational chemistry)-1

Sat. Mar 26, 2022 1:30 PM - 3:10 PM [Room PO1] Event Hall (Bldg. 1: 1F)

1:30 PM - 3:10 PM

[26PO1-pm1-42] Construction of binding model of E-selectin and Sialyl Lewis X mimicking octapeptide

○Susumu KAWANO1, Hiroaki KAJI1 (1. Sch. Pharm. Shujitsu Univ.)

目的 E-selectinは炎症時、血管内皮細胞のSialyl Lewis X(SLeX)と相互作用してその循環速度を低下させ、対象組織へ遊走し炎症などの生体反応に深く関わっている。以前から数から十数残基からなるペプチドが糖鎖のように振る舞うことが報告されており、さまざまな糖鎖の模倣ペプチドがペプチドライブリーから発見されている。著者らは含硫アミノ酸2種を除く天然アミノ酸18種からなるオクタペプチドライブラリーを化学的に構築し、SLeX模倣ペプチドを報告した1)。しかし、そのオクタペプチドはSelectinに対する親和性が高いが選択性が他のSLeX模倣ペプチドより低いことが示された2)。そこで、この選択性の問題が解決できれば、より優れているペプチドが得られる考えられるため、SLeX模倣ペプチドとE-selectinまたはBSAとのドッキングシミュレーションを行い、親和性、選択性に影響を及ぼすアミノ酸残基の探索を行った。
方法 E-selectin(PDB_ID:1g1t)およびBSA(PDB_ID:3V03)の構造情報はPDBjより得た。SLeX模倣ペプチドは既に知られている3種類を用いた。ドッキングシミュレーションは、Amber10: EHT力場を用い、統合計算科学システム(Molecular OperatingEnvironment, MOE, Chemical Computing Group,Canada)を用いて実施した。
結果および考察 E-seletinとのシミュレーションの結果はFernandesらの報告と同様な結果結果が得られた。このモデルはこれまでに著者らの報告したTyr1およびArg7がE-selectinと結合するために重要な役割を担っていることともよく一致した1)。現在BSAとのシミュレーションを解析中である。
1)Kawano S., et. al. Biol. Pharm. Bull., 34, 883-889, (2011)
2)A.C. Fernandes, et al. Future Med. Chem., 10, 2695-2711 (2018)