育種・遺伝Ⅱ

[VI-20-21] 黒毛和種およびホルスタイン種雄牛集団におけるSNP情報を用いた血縁度の評価

*長井 凜太郎¹、絹川 将史²、渡邊 敏夫²、荻野 敦²、黒木 一仁²、足達 和徳²、佐藤 正寛¹、上本 吉伸¹ (1. 東北大院農、2. 家畜改良事業団)

【目的】個体間の遺伝的な似通い度である血縁度について、SNP情報を用いた血縁度（ゲノム血縁度）の特性を明らかにするため、黒毛和種およびホルスタイン種雄牛集団を対象に、複数のゲノム血縁度を評価指標とし、①各指標の取りうる範囲、②各指標間の相関係数、について血統情報による血縁度と比較した。【方法】家畜改良事業団の保有する黒毛和種（814頭）およびホルスタイン種（1085頭）の血統情報およびSNP遺伝子型を用いた。血統情報を用いて相加的血縁行列の非対角要素（f_ARM）を計算した。また、ゲノム血縁度として、SNP遺伝子型、ROH、ハプロタイプを用いたゲノム関係行列の非対角要素（f_GRM、f_GROH、f_GHAP）および染色体断片間のIBDを考慮した共祖係数（f_SEG）を計算した。これら指標間の特性を評価した。【結果】①黒毛和種はホルスタイン種と比較して、各ゲノム血縁度の値はより広い範囲で分布していた。また、多くのゲノム血縁度の分布はより広い範囲で分布していた。また、多くの血縁度の分布はf_ARMと類似していた。②f_ARMとゲノム血縁度の相関係数は、多くのゲノム血縁度で0.7以上となり、特に黒毛和種ではf_SEGで0.95、ホルスタイン種ではアリル頻度を固定したf_GRMで0.77と最も高い相関が得られた。以上の結果より、ゲノム血縁度は、個体間の似通い度が推定可能であることが示唆された。