[IX-29-01_03] 遺伝・育種 (IX-午前)

[IX29-01] データベースにあるRNA sequence情報を用いた遺伝子発現解析

土井 考爾¹, 平岩 秀樹¹, 渡部 聡², ^○西堀 正英³, 安江 博¹ (1.つくば遺伝子研, 2.農研機構畜産部門, 3.広島大院生物圏)

形質の変化には，遺伝子発現の変化が伴うことが知られている．これまでは「研究者の勘」で，候補遺伝子を選択し，検証してきた．　近年，「勘」に頼らず，より網羅的に解析する手法として，マイクロアレイが登場した．しかし，１つの遺伝子内でも，スプライシングが変化し，多様なトランスクリプトが生成することがわかっているため，マイクロアレイだけでは実際のトランスクリプトの変化を捉えることができない．

　このため，その打開策として，最近，RNAシークエンスとその解析が注目されている．そこで，我々は，データベース上にあるRNAシークエンスデータを用いて，サルモネラ感染豚とその非感染豚の血液での遺伝子発現の差異を検討した．その方法として，TopHat2 > Cufflinks > Cuffdiff > Rのパイプラインで，遺伝子単位あるいはエキソン単位で解析を行った．その結果，感染によって誘導される特異的遺伝子発現を特定することができた．